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BioTek产品为您实现二代测序的高通量质量控制
作者:admin

大神般的高通量测序技术

高通量测序技术(High-throughput sequencing)又称“下一代”测序技术(“Next-generation”sequencing technology, NGS),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。

 

    高通量测序技术的诞生可以说是基因组学研究领域一个具有里程碑意义的事件。该技术使得核酸测序的单碱基成本与第一代测序技术相比急剧下降,人类基因组测序正式进入万(美)元时代,能够实施更多物种的基因组计划从而解密更多生物物种的基因组遗传密码,外显子测序对于遗传疾病、肿瘤等研究和治疗带来新的曙光;

    因此,高通量测序技术在基因组测序及基因组学发展、比较基因组研究、古生物学及基因测定,特别是精准医疗及个性化医疗方面都有极为重要的应用

 

NGS的主要流程

测序流程的第一个环节文库制备中包含了DNA纯化、DNA定量及质量验证和制备文库等几个环节,而DNA浓度测定和文库质量控制是整个测序过程的关键步骤,直接决定测序质量及通量。

Illumina测序系统为例,测序流程主要包括文库制备,簇形成,合成测序,数据分析四步(见下图,图片来源Illumina网站);

 

DNA定量的主要方法

NO.1 A260检测

 

由于在260nm和1cm光路经下1OD值相当于:
    50 μg/mL双螺旋DNA
    40 μg/mL单螺旋DNA(或RNA)
    20 μg/mL寡核苷酸
因此,对于纯的核酸溶液,测定A260,即可利用核酸的比吸光系数计算溶液中核酸的量:

260/280 Ratio Test:
用于评估样品的纯度:
纯的DNA A260/280比值为 1.8 ,纯的RNA A260/280比值为 2.0 。
样品中如含有杂蛋白及苯酚,A260/A280比值即明显降低。

 

DNA定量方法二:PicoGreen荧光法

?PicoGreen未与DNA结合时,有微弱荧光,当与DNA结合后,荧光信号明显增强;激发和发射分别是485nm和528nm;最低可以检测到0.1pg/μl DNA;

 

两种方法对比如下:

NGS中DNA定量现状

目前NGS中DNA定量系统是Qubit荧光定量系统,荧光染料与特异性的靶分子结合后发射荧光信号,借此来完成DNA浓度定量。
 

Qubit主要特点:
1,采用单管式检测,只需用2min;

2,可以快速准确定量DNA,RNA和蛋白;

3,最低检测1μL样品(10 pg/uL DNA或12.5ug/mL蛋白);

4,5.7英寸触摸屏,最多储存1000个样品结果;

 

同样,Qubit系统也存在一些不足:

1,由于采用单管式检测,所以通量低,不适合高通量样品检测;
2,试剂和耗材均是封闭,后续定量成本高;
3, 荧光微量体积检测,会存在数据稳定性差问题;

 

鉴于目前Qubit检测系统存在的通量和成本的问题,BioTek可以提供多个解决方案

 

BioTek的高通量DNA定量解决方案

方案I 基于A260检测的Epoch&Take3/Take3 Trio系统

Epoch微孔板分光光度计

Epoch是一款性能优异的吸收光连续波长分光光度计,具有长寿命氙闪灯、连续光谱检测、无需更换滤光片以及可同时检测多种不同波长等优势。

 

1,高能氙闪灯;2,全息光栅;3 光电二极管检测器

 

Take3&Take3 Trio 微量DNA检模块

 

Take3系列(见下图)是经过巧妙设计的适配BioTek微孔板检测仪的微量DNA检测模块,其能够实现16个或48个体积为 2 µL 的微量样品检测;可进行微量 A260 核酸定量,蛋白定量;dsDNA 检测最低浓度 2 ng/ µL;

 

 

 

方案II 基于PicoGreen的Synergy H1&Take3/Take3 Trio系统

SynergyH1多功能微孔板检测仪

 

Synergy H1是目前BioTek性价比最高的酶标仪,采用BioTek专利的Hybrid技术设计,整合四光栅技术和滤光片于一体,兼有灵活性和高灵敏度。

关于更多SynergyH1及其他适配PicoGrenn的多功能酶标仪的介绍,请点击传送门:SynergyH1


BioTek其他适配的高通量PicoGreen法的仪器


高通量自动化方案中的分液系统

检测96/384孔板中,为了更快的进行定量,我们可以借用MultiFlo FX分液系统来完成试剂的加样;

MultiFlo FX 可以配备: 
1,一个或两个蠕动泵分液器, 带有多道分液头。


2,一个或两个蠕动泵分液器以及注射器泵分液器, 带有多道分液头。

 

3,通过多道洗头进行分液和抽吸的洗板模块


4,一个蠕动泵和两个注射器泵以及1个蠕动泵和可选RAD单道分液器

更多MultiFlo FX介绍,请戳传送门:MultiFlo FX

注意,下方重点来袭:

BioTek同Qubit的方案对

最后,让我们来看一看业界有哪些大神们已经开始采用BioTek的方案了吧!

发布时间:2021-04-30 Fri
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